泌尿外科
泌尿外科是云南结石病医院的品牌龙头科室，该科严格按照世界卫生组织（WHO）标准组建，不但是云南省最具影响力的泌尿结石诊疗基地之一， 还是西南结石病研究院在云南省的首家技术培训基地。
目前科室拥有一支高素质的专业队伍，由《结石病科学诊疗白皮书》倡导者之一、中华全国医师委员会委员、中国医师协会泌尿外科医师分会专科成员、 云南结石病医院泌尿外科学科带头人冯波教授领衔，特别引进了昆明地区首台组合式输尿管软镜、高功率钬激光手术系统及EMS超声碎石系统等 领先设备。
科室以《泌尿外科诊治指南》为核心，以《临床流程》为规范， 对肾结石、输尿管结石、膀胱结石、尿道结石、肾囊肿等泌尿外科疾病进行规范诊治， 主要开展各类泌尿外科微创手术，包括纤维软性肾镜碎石碎石术、微创经皮肾镜碎石碎石术、输尿管镜下碎石术、 膀胱镜下碎石术等各类保肾碎石手术，无论从开展时间、技术娴熟程度及诊治病例例数方面，在云南地区均处于领先地位， 为广大患者的肾脏健康保驾护航！
肝胆外科
肝胆外科作为云南结石病医院的重点临床科室，是集医疗、教学、科研为一体的临床专科。科室技术力量雄厚， 医生诊治经验丰富，科研成绩显著，学术气氛浓厚，常年受到微创胆道外科学创始人陈训如将军等国内肝胆外科泰斗亲切关怀。
目前肝胆外科由中国医师协会内镜医师分会微创保胆专业委员会委员、中国护胆联盟顾问专家、市医学会微创外科委员会委员、 国内知名肝胆外科微创手术专家、省抗癌协会快速康复外科委员会委员、云南结石病医院肝胆外科陈宏主任领衔， 专门致力于肝胆系统疾病，包括胆囊结石、胆囊息
肉、胆总管结石、肝内外胆管结石等疾病的诊疗与研究。
科室秉承国际领先的“保胆取石”理念，精于经脐隐瘢痕保胆取石术、三镜联合微创保胆取石术、电子腹腔镜下胆囊切除术、 微创胆道手术等高精尖诊疗技术的开展，其中“三镜联合微创保胆取石（息肉）术”填补了云南地区的空白， 年手术量高达6000余台。在省内具有重要影响力和学术地位、人员精干、结构合理的学科。
